Sultan II. Bayezid Külliyesi'nin temeli 1484 yılında bizzat Sultan II.Bayezid tarafından atılmış, dönemin ekonomik ve insan gücüyle 4 yıl gibi kısa sürede bitirilerek 1488 yılında hizmete açılmıştır. Çok kubbeli grafiksel yapısı ile dikkat çeken bu binalar topluluğunun mimarı ise Hayrettin'dir. Sultan II. Bayezid Külliyesi; döneminin en önemli, sağlık, sosyal, eğitim ve dini kurumlarından biridir. Külliye; hastane, tıp medresesi, cami, misafirhane, imaret, hamam ve köprü gibi çok sayıda birimden oluşur. Çok amaçlı düşünülen bu kompleks aynı zamanda dönemin sosyal devlet anlayışını yansıtır.

Külliyenin şifahanesinde hastalara bakılmış, medresesinde öğrenciler yetiştirilmiş, camisinde ibadet edilmiş, tabhanesinde misafirler ağırlanmış, aşhanesinde ise fakir fukara doyurulmuştur. Darüşşifa, az personelle çok hizmet vermeyi amaçlayan merkezi bir hastane olması ve bu alandaki ihtiyaçlarının ayrıntılı bir şekilde düşünülerek planlanmış olması açısından dünyada ilktir, benzerleri batıda ancak 200 yıl sonra yapılmaya başlamıştır. Bu hastanede, musikinin ve su sesinin huzur verici tınıları taş duvarlarda yankılanarak şifaya dönüşür. İbni Sina'dan Farabi'ye; Selçuklulardan Osmanlılara uzanan köklü bir müzik terapi anlayışı, fiziksel ve ruhsal hastalıkların tedavisinde başarı ile uygulanır. Evliya Çelebi'nin "Orada öyle bir darüşşifa vardır ki; dil ile tarif edilmez, kalem ile yazılmaz" diyerek tanımladığı hastanesi, 400 yıl boyunca aralıksız olarak hastalara şifa dağıtır. Edirne Darüşşifası, kuruluşunda çok yönlü bir hastanedir. İlk yıllardaki kadrosunda 1 hekimbaşı, 2 hekim, 2 cerrah, 2 göz hekimi ve 2 eczacı bulunur. Bu hastanede görev yapan Hekimbaşılarına vakıf bütçesinden günde 30, diğer hekimlere ise günde 15'er akçe ödenirdi. Toplam personel sayısı 21, hastanenin yatak sayısı ise 32'ydi. Uzun yıllar dertlilere deva olan bu şifa yurdu, daha sonraki yıllarda, sadece akıl ve ruh hastalarının tedavi edildiği bir merkeze dönüşmüştür. Bu hastanenin en büyük özelliği tedavide dönemin hekimlik bilgilerinin yanında musiki, su sesi ve güzel kokuların kullanılmış olmasıdır. On kişiden oluşan hanende ve sazende topluluğu, haftanın üç günü müzik sahnesinde yerini alır, her hastalığa göre farklı makam çalıp söylerlerdi. Örneğin, havale ve felç rahatsızlıklarında Rast, sinirli kişilere Irak, baş ağrısı için Rehavi, kalp hastalıkları için Zengule, zihni açıp zekâyı arttırmak için ise İsfahan makamı çalınırdı. Külliyenin medresesi, döneminin en önemli tıp okullarından biriydi ve hastaneye hekim yetiştirirdi. Önem rütbesi açısından Osmanlının üst derecesi sayılan altmışlık medreseler arasında yer alırdı. Müderris adı verilen hocası ve yardımcısının yanında kütüphane görevlisi ve 18 öğrencisi vardı. Hocasına günde 60, öğrencilerine ise 2 akçe ödenirdi. Bu bölümlerdeki uygulama günümüzün eğitim ve uygulama hastanelerini andırır. Tıp Medresesi'nde eğitim gören öğrenciler aynı zamanda darüşşifada usta çırak ilişkisi ile eğitimlerini tamamlarlardı. Evliya Çelebi, medrese için; "Külliyenin içinde Medresetü'l Etıbba ve odalarında talebeler vardır ki, her biri daima Eflatun, Sokrat, Filbos, Aristotales, Galen, Pisagor gibi alimlerden söz eden olgun tabiplerdir, her biri bir fenne yönelip, hekimlik ilminde kıymetli kitaplara değer vererek, âdemoğullarının derdine deva bulmaya çalışırlar." diye yazar. Bu medresede okutulan ve birçoğu Sultan II.Bayezid tarafından bizzat bağışlanan tıp kitapları günümüze kadar ulaşmıştır. Dönemin hekimliğini anlatan 37 adet kitap şu an Selimiye El Yazması Eserler Kütüphanesi'nde koruma altındadır